银杏树根主根很粗壮，扎入土壤中的深度可以达到1.5米以上，在土壤疏松，地下水位比较低，土壤含水量在40%-60%之间的地方，根系扎入土壤最深可达处5米。
银杏树侧根也很发达，侧根的水平长度可以是树冠半径的两倍左右，在山东定林寺的那一株千年银杏树，其根系可以长到寺庙外面的小溪旁边。山东港上乡的一株唐代银杏树，侧根的生长长度将近22米。我国各地的银杏树，其侧根在几十米长的有很多。银杏树发达的根系使银杏树有很强的抗风能力，可以作为防护林来种植。
银杏根系生长的速度与土壤的养分和土壤的透气性密切相关，土壤养分足，树根生长的就好，银杏树长势也会好。透气性不好的土壤，树根生长会受到影响，如果树下积水严重，树根会因为无法呼吸而导致银杏树死亡。
银杏树根系的另一个特点是，根系被切断后，可以很快的发出新的根系，且根系比以前更加发达。比如我们移植银杏树以后，银杏树会生出更多的根系，就是这个道理。银杏树根系切断后，会发出3-5根侧根，侧根间没有主次之分，生长速度大体一样，各个侧根都会迅速生长，会发出新的小根系。
