银杏树树枝分为长枝和短枝，短枝生长在长枝上，可以开花结果实。
1，长枝
长枝生长快、节间长，一年生的长枝初时为淡绿色，等到木质化以后变为淡土褐色，两年生的时候先是变为浅白色，而后会变为灰白色，并出现裂纹。
长枝的生长时间较短，在4月开始生长，7月就开始停止生长。若养分充足，其他条件也很好的时候，生长时间可以延长到9月份。
对长枝进行解剖，发现长枝的皮层较薄、较软、表皮呈灰白色，里面的皮是绿色的，木质的部分坚硬发达，颜色是淡白色。皮层、木质层、髓心的半径之比为1:2:0.5。
2，短枝
短枝因为其可以结果，又称为果枝，奶枝。短枝生长在长枝上，生长速度慢，节间短。当年生短枝长0.2厘米，以后随着树的年龄增加而长大，15年树龄的银杏树，短枝长大约在3厘米左右，28年树龄的短枝长度可以达到7厘米。短枝的最大生长年限为34年。
短枝和长枝具有交互性，有的长枝会出现生长缓慢，而变为短枝，短枝也会受到特殊刺激而变成长枝。
叶片在短枝上为簇生状，一般为每个短枝上的叶片数量5-7片，解剖一个直径0.7厘米的短枝，内皮厚度为0.2厘米，木质部为0.05厘米，髓部半径为0.1厘米。三者比例为2:0.5:1。
