银杏树苗期的茎腐病特别严重,有时会造成育苗的彻底失败。银杏大蚕蛾,在我国南方和北方都曾大规模发生过。银杏超小卷叶蛾在我国主要银杏产区都有分布,严重危害时,受害率高达95%。北京的北太平庄等几个绿化点上,木贾娥的危害就相当严重。在对北太平庄、木挥地、阜外大街等处的银杏作普查时发现,有些地段几乎百分之百的植株受害,严重受害的也占20%以上。有好几株树,由于主干皮层被木蠢蛾幼虫全国啃食而整株死亡。又如地处浙江富阳的中国林科院亚热带林业研究所的银杏圃地内,每年都有大量食叶害虫和蛀干害虫活动。1993年嫁接成活的苗木中,几乎有一半以上受害,特别是银杏苗茎腐病和白蚁的频繁活动,使我们半数以上的植株在栽植三年内完全枯死。
除了已经列举的银杏苗木茎腐病外,常见的还有银杏苗干枯病,银杏苗早期黄化病,银杏苗叶斑病,银杏苗大蚕蛾,银杏苗“截路虫”,银杏苗超小卷叶蛾,尺蛾,刺蛾,舞毒蛾,大袋蛾,金龟子,白蚁等。所有这些病虫害当中,对银杏苗产量影响最大的是几种虫害。银杏苗大蚕蛾的食量很大,大发生时,全树的银杏叶会在十天半月内被全部吃光。这些树,不仅当年只能提供浮头果,就是第二年也无法正常结实。而超小卷叶娥,则直接危害结实部位的枝叶,造成严重落叶、落果。木蠢蛾的危害会使植株从基部起枯死,损失就更为惨重。