土壤是银杏树根系能否良好生长的基础，肥沃的土壤可以促进根系的生长，根系可以吸收到更多的水分和营养，园地土壤的深翻熟化有利于树体的生长，可使银杏树生长的快，银杏果结的多，而且品质也会很好一些。
1，深翻时期
深翻银杏苗圃是一项对银杏树很好的工作，一年四季都可以进行，秋季的时候可以把深翻土壤和施肥一起来进行，秋季银杏树根生长很快，可以为来年银杏树的生长积累很多营养物质，此时深翻施肥很重要。春天和夏天的时候，可以在苗圃中间种农作物，即可深翻土壤，又能多一项收入。南方的冬季，土壤不会封冻，也可以深翻土壤。
2，深翻深度
土壤的深翻深度在60-80厘米为宜，对于山区的土地，土地下如果石块较多，可以适当加深深度，并捡出石块，填入有机肥和熟土。比较肥沃的土地，深翻深度可以适量降低。深翻土壤可以几年翻一次即可。不用每年都翻。
3，深翻方法
零星种植的并且是新种的银杏树，树坑与树盘大小相同，可以每隔2-3年以树冠的大小为标准，向四周扩大树盘，并结合施肥一起进行。苗圃内种植的成片银杏树，可以隔年深翻一次，横向竖向轮换挖沟。回填时，将枯枝杂草、有机肥和地表的土壤填入坑底，再将挖出的底部土壤放在最上面。并踩实和浇一次水。需要注意的是深翻时难免会损伤到一些树根，此时要尽量降低损伤根系。
4，中耕除草
春季中耕有利于银杏树的生长，夏季中耕有利于抗涝，秋季中耕，根系会更快的生长。中耕深度为5-10厘米，潮湿或者干旱的地区中耕深度可以适当加深，以10-15厘米为宜。除草也是一项必做的工作，大量的杂草会和银杏争养分和水分，影响银杏树的正常生长。
