银杏树的水分含量为40%-60%，银杏果水分的含量在一半左右。水分在银杏树中是很重要的组成部分，银杏树任何生长环节都离不开水分，包括营养的吸收和运输，花芽的形成和银杏果的生长，银杏树温度的调节也需要水分的参与。
银杏树较耐旱，其根系发达，对于水分的吸收作用很强，因此比较耐旱。如果种植的地区年降水量达到600毫米，且土壤含水量达到60%，这样的条件就不会影响银杏树的正常生长。但是想要银杏树更加快速的生长，就要有更充足的水分，年降水量达到800毫米，会使银杏树生长的更快一些，结果实更多一些。在降雨量不足的地区就要给银杏树浇水，使得土壤持水量在75%-85%之间，最适合银杏树的生长。
水分虽然对银杏树生长起到很好的作用，但是水分过多的话，就会给银杏树带来严重的危害，特别是苗圃内出现积水的情况，积水深度达30厘米，持续7天以上，就会淹死银杏树。表现为叶片变黄脱落。原因是银杏苗圃出现积水以后，根部处于缺氧状态，无法呼吸而死亡。
地下水位超过1米或是土壤长期潮湿都会影响银杏树的生长，原因在于根部会呼吸不良，此时根部会将糖分分解为二氧化碳和酒精，不仅无法给银杏树提供养分，其分解的二氧化碳和酒精还会影响树根的生长。
