银杏种子采集回来的时候，并未达到生理成熟，还需要储藏一个半月左右才完全成熟，经过储藏后胚胎发育才完全成熟。
将在阴凉处晾干的种子，用1∶1000的高锰酸钾溶液进行种核消毒，再去除发霉的种子和破损的种子，还有放在水中会飘起的种子，这样处理过的种子才可以进行储藏。
在阴凉通风的屋子里来对种子进行储藏，取干净的沙子来对银杏种子储藏，铺一层沙子放一层种子，可以铺3-4层的种子，最上面在铺上5厘米的沙子即可。要注意的是沙子的湿度以用手抓可以成团、松开手即散开为宜。还要20-30天翻动1次种子，定期检查，去除发霉的种子，如果发现沙子变得很干燥就要喷一些水来控制湿度。
储藏过以后的银杏种子，完成生理后熟，发育的胚增大40%，种核纵、横径均相应增大0.5%左右。此外，还有容器贮藏、风干贮藏和地窖贮藏等贮藏方法。各地可根据实际情况选择适宜的贮藏方法，但必须保证能使种子完成生理后熟发育、不霉变、不降低发芽率。
